Puedes optar pagarla con tarjeta de crédito o débito y utilizas el estado de cuenta como comprobante fiscal, clara esta que dicho estado de cuenta debe cumplir con todos los requisitos fiscales.
Yo las facturo, pero en las carreteras estatales me aparece una leyenda que dice 'Este comprobante no cumple con los requisitos fiscales para deducirse de acuerdo al Art. 29 del CFF'
Pero en las facturas de CAPUFE, no tienen esa leyenda así que sólo deduzco éstas.
Pero si realmente viajas mucho, te conviene una tarjeta IAVE, pues no tienes que facturar individualmente, sino que el sistema te genera una factura automáticamente cada mes, y solo tienes que descargarla.