Si se da la figura de que, efectivamente hayas recibido un Anticipo, éste lo tienes que registrar en contabilidad de la siguiente Manera (por Ejemplo un anticipo de $10,000.00 y la operación por la venta o servicio fue por $20,000.00 y tus ingresos son gravados al 0% de IVA):
CUENTA CARGOS ABONOS
Bancos $10,000.00
Anticipo de Clientes $10,000.00
Elaborar el CFDI conforme se especifica en el Apéndice 6 - Procedimiento para la emisión de los CFDI en el caso de anticipos recibidos



Luego, cuando la operación se da, (vendes o prestas el servicio) procedes a contabilizar el ingreso.
CUENTA CARGOS ABONOS
Anticipo de Clientes $10,000.00
Clientes $10,000.00
Ventas $20,000.00
Aquí para el timbrado de la operación tienes la opción de que en la misma factura de ingreso puedas aplicar el anticipo Relacionando el UUID del CFDI de anticipo y en tipo de relación poner la clave 07-CFDI por aplicación de anticipo del catalogo c_tipoRelación
O también tienes la opción de hacer el CFDI por el valor total de la operación ($20,000.00) Posteriormente a la emisión del CFDI por el valor total de la operación, debes emitir un CFDI de tipo “Egreso” por el valor del anticipo aplicado, como a continuación se indica:

a) TipoDeComprobante: En este campo se debe registrar la clave “E” (Egreso) del catálogo c_TipoDeComprobante.

b) FormaPago: En este campo se debe registrar la clave “30” (Aplicación de anticipo) del catálogo c_FormaPago.

c) MetodoPago: En este campo se debe registrar la clave “PUE” (Pago en una sola exhibición) del catálogo c_MetodoPago.

d) Nodo: CfdiRelacionados: Este nodo debe existir.
*TipoRelacion: En este campo se debe registrar la clave “07” (CFDI por aplicación de anticipo) del catálogo c_TipoRelación, a efecto de relacionar este comprobante con el CFDI por el valor total de la operación emitido anteriormente.
*Nodo CfdiRelacionado: Este nodo debe existir.
-UUID: Se debe registrar el folio fiscal del comprobante emitido por el valor total de la operación a 36 posiciones que se relaciona a esta factura.

e) Nodo: Concepto: Solo debe existir un concepto en este comprobante.
ClaveProdServ: En este campo se debe registrar la clave “84111506” (Servicios de facturación).
Cantidad: Se debe registrar el valor “1”.
ClaveUnidad: Se debe registrar la clave “ACT” (Actividad).
Descripcion: En este campo se debe registrar el valor “Aplicación de anticipo”.
ValorUnitario: En este campo se debe registrar el monto descontado como anticipo antes de impuestos.

Se precisa que la fecha de emisión del CFDI de tipo “I” (Ingreso) por el valor total de la operación y el CFDI de tipo “E” (Egreso) debe ser preferentemente la misma, debiendo emitir primero el CFDI de tipo “I” (Ingreso) por el valor total de la operación y posteriormente el CFDI de tipo “E” (Egreso).

Es importante mencionarte que éste CFDI de tipo egreso no lleva ningún registro contable, pero lo tienes que relacionar en contabilidad en la póliza que generaste el ingreso y registraste el cargo en la cuenta de anticipo de clientes para saldar con el cliente el servicio o venta que ya se está dando.